Gugatan waris diajukan ke Pengadilan Agama oleh penggugat selaku ahli waris dan dapat pula  mengguganakan jasa pengacara/advokat atau kuasa insidentil. Jika menggunakan kuasa insidentil, terlebih dahulu harus mengajukan permohonan  kepada Ketua Pengadilan Agama untuk menjadi kuasa insidentil, kemudian Ketua Pengadilan mengeluarkan surat izinnya.

Pengajuan gugatan waris disertai dengan bukti  kematian pewaris dari Lurah/Kepala Desa dan silsilah ahli warisnya dan dipersiapkan pula dokumen bukti-bukti kepemilikan objek sengketa seperti sertifikat, akta jual beli, dan bukti kepemilikan lainnya.

Dalam surat gugatan harus memuat secara lengkap objek-objek sengketa mengenai ukuran dan batas-batasnya tanah, merek dan tahun pembuatan dan kalau perlu dengan warnanya jika objeknya berupa mobil/Sepeda motor atau barang-barang elektronik.

Pengujuan gugatan waris diajukan ke Pengadilan Agama  yang daerah hukumnya meliputi letak barang tetap  (objek sengketa) itu berada, kecuali barang-barang sengketa itu menyebar kepada beberapa wilayah Pengadilan Agama, maka penggugat dapat memilih salah satunya Pengadilan Agama dimana objek sengketa waris itu berada.

Penggugat membayar panjar biaya perkara, untuk Pengadilan Agama Pelaihari, pembayarannya melalui Bank BRI cabang Padangsidimpuan dan jumlahnya sesuai dengan taksiran meja 1 (SKUM) yang didasarkan pada PP 53 tahun 2008 dan Surat Keputusan Ketua Pengadilan Agama Pelaihari tentang panjar biaya perkara. Bagi yang tidak mampu/miskin dapat mengajukan gugatan waris secara cuma-Cuma/prodeo, dengan melampirkan surat keterangan tidak mampu dari Lurah atau Kepala Desa setempat yang diketahui oleh camat.

Setelah gugatan didaftarkan di Pengadilan Agama, penggugat/kuasanya tinggal menuggu panggilan sidang yang disampaikan oleh juru sita. Panggilan disampaikan minimal 3 hari kerja sebelum sidang dilaksanakan.

Proses sidang dimulai dari upaya perdamaian dan dilanjutkan dengan mediasi jika para pihak hadir dipersidangan. Dalam mediasi, para pihak bebas memilih mediator apakah berasal dari hakim atau pihak lain yang sudah memiliki sertifikat mediasi, dan segala biaya pengeluaran mediasi ditanggung oleh penggugat atau kedua belah pihak jika terdapat kesepakatan dengan tergugat.  Namun apabila  mengguganakan hakim mediator  tidak dipungut biaya.

Setelah proses mediasi dilaksanakan, dan ternyata damai, maka dibuatkan akte perdamaian yang dikuatkan dalam putusan  majelis hakim yang bersangkutan. Namun jika tidak terjadi damai, pemeriksaan gugatan dilanjutkan dengan pembacaan gugatan, jawaban tergugat, replik penggugat, duplik tergugat, pembuktian yang dilanjutkan dengan pemeriksaan setempat, kesimpulan, musyawarah majelis dan putusan.